Остров Сипадан находится 35 километрами южнее города Семпорна, расположенного в провинции Сабах на южном берегу острова Борнео.
Остров севернее экватора на 5°, в море Сулавеси.
Сипадан — океанический остров, поднимающийся над уровнем дна на 600 метров.
Географические координаты (GPS):
4° 7.168' северной широты
118° 37.789' восточной долготы