L’île de Mabul et les îles voisines ont accueillit des immigrants venant des Philippines depuis les années 1970. Ils sont aujourd’hui devenu villageois ou pêcheurs.
Dans le passé, Sipadan fût au coeur de disputes territoriales entre l’Indonésie et la Malaisie. A la fin de l’année 2002, la Cour Internationale de Justice a attribué l‘île à la Malaisie.
Le 23 avril 2000, 21 personnes ont été kidnappées par le groupe de terroristes philippins Abu Sayyaf. Toutes les victimes furent relâchées saines et sauves.Depuis cet événement l’armée Malaisienne protège les touristes et une grande partie de l’ile de Sipadan est désormais protégée.
A la fin de l'année 2004, tous les centres touristiques de Sipadan furent fermés et transférés sur l'ile de Mabul.
Depuis le mois d’avril 2008, le système de permis Sabah Park’s accepte seulement 120 plongeurs par jour sur l’île de Sipadan.