Desde los años 70 la cercana isla de Mabul aceptaba inmigrantes de las Filipinas. Son aldeanos y pescadores.
En el pasado, Sipadan fue el centro de disputadas territoriales entre Indonesia y Malasia. A finales de 2002, la Corte Internacional de Justica, otorgó la isla a Malasia.
El 23 de Abril de 2000, 21 personas fueron secuestradas por el grupo terrorista filipino de Abu Sayyaf. Finalmente, todas las victimas fueron liberadas.
Desde entonces, el ejercito militar Malayo protege la zona.
A finales de 2004, todos los centros turísticos de Sipadan fueron cerrados y trasladados a la isla de Mabul.
Desde el 1 de Abril de 2008, el sistema de permisos del parque de Sabah permite solamente 120 buceadores por día.