Die nahegelegene Insel Mabul nahm seit den 1970ern Migranten von den Philippinen auf. Sie sind Dorfbewohner und Fischer.
In der Vergangenheit war Sipadan Zentrum des Territorialstreits zwischen Indonesien und Malaysia. Ende 2002 sprach der Internationale Gerichtshof die Insel Malaysia zu.
Am 23. April 2000 wurden 21 Personen von Abu Sayyaf Filipino Terroristen gekidnappt. Alle Geiseln wurden schließlich freigelassen.
Seitdem beschützt das malaysische militär die Touristen und ein großer Teil der Insel ist Sperrbereich.
Ende 2004 wurden alle Resorts auf Sipadan geschlossen und auf die Insel Mabul verlegt.
Seit 1. April 2008 regelt das Sabah Park Genehmigungssystem, dass nur 120 Taucher pro Tag tauchen dürfen.